Ein Energieaudit ist keine exakte Wissenschaft. Unsicherheiten bezüglich des Energieverbrauchs sind, sofern nicht alle energieverbrauchenden Systeme mit einem dezidierten Zähler ausgestattet sind, nicht zu vermeiden. Angaben zur Nennleistung auf den Typenschildern der Energieverbraucher weichen häufig deutlich von den tatsächlichen Abnahmeleistung im täglichen Betrieb ab. Nur wenige Anlagen haben Betriebsstundenzähler, die regelmäßig erfasst werden. Häufig werden Laufzeiten im Auditprozess deshalb nach Rücksprache mit dem Kunden abgeschätzt. Die Multiplikation von Nennleistung und Laufzeit pro Analyseperiode führt zwar rechnerisch zum Verbrauch einer Anlage, allerdings werden die Abschätzungsfehler ebenfalls miteinander multipliziert. Dabei ist es nicht unüblich, dass sich die Fehler noch verstärken. Die tatsächliche Leistung liegt in den meisten Fällen deutlich unter den Nennleistungen, die Laufzeiten werden häufig zu hoch eingeschätzt. Es ist nicht unüblich, dass nach Aufnahme aller Verbraucher die errechneten Energieverbräuche 80% und mehr über den Energiebezugsmengen liegen. 

Über Anpassungsfaktoren kann dieser Fehler in der Energiebilanz zwar ausgeglichen werden, allerdings besteht keine Garantie, dass die Anpassungsfaktoren für die verschiedenen Anlagen korrekt gewählt wurden.

Problematisch ist die Unsicherheit der Datengrundlage bei der Berechnung der Effizienzmaßnahmen. Wird einer Anlage fälschlicherweise zu viel Verbrauch zu gerechnet, dann kann und wird das rechnerische Ergebnis der Maßnahme besser als die tatsächlich zu erzielende Einsparung sein.

Messungen der Energieverbräuche und Aufzeichnungen der Betriebszeiten sind der einzige Weg die Unsicherheit zu reduzieren. Vor der Durchführung kapitalintensiver Maßnahmen sollte deshalb immer der tatsächliche Energieverbrauch validiert werden. Zu empfehlen ist auch eine zweite Messung nach Abschluss der Maßnahme, um die Herstellerangabe zu überprüfen.